Conforme previsto no §2º do art. 3º da Portaria de Consolidação nº 6/2017, alterada pela Portaria nº 3.992/2017, os recursos financeiros transferidos fundo a fundo podem ser utilizados em qualquer ação ou serviço de saúde relacionados ao Bloco de Financiamento (custeio ou investimento) por meio do qual ocorreu o repasse, desde que seja assegurado:

• a vinculação dos recursos, ao final do exercício financeiro, com a finalidade definida em cada Programa de Trabalho do Orçamento Geral da União onerado pelo repasse:
• o cumprimento do estabelecido no Plano de Saúde e na Programação Anual de Saúde; e
• o cumprimento do objeto e dos compromissos pactuados e/ou estabelecidos nos atos normativos específicos da direção do SUS em sua respectiva esfera de competência.

A comprovação do cumprimento do(s) objeto(s) e da conformidade (adequação com a finalidade) na aplicação dos recursos transferidos será realizada por meio do Relatório de Gestão, elaborado anualmente e submetido ao respectivo Conselho de Saúde (art. 1147).

Sem prejuízo da atuação dos órgãos de controle interno e externo em suas respectivas esferas de competência (Tribunais de Contas, componentes do Sistema Nacional de Auditoria do SUS, Ministério Público, Controladorias), os órgãos e entidades finalísticos responsáveis pela gestão técnica das políticas de saúde – Secretarias e entidades vinculadas –  devem acompanhar a aplicação dos recursos transferidos e proceder à análise dos Relatórios de Gestão, com vista a identificar informações que possam subsidiar o aprimoramento da política pública (art. 1148).