Conforme previsto no art. 3º, §§ 2º e 3º, da Portaria de Consolidação nº 6/2017, modificada pela Portaria nº 3.992/2017, os recursos financeiros repassados pelo FNS devem ser aplicados em ações e serviços públicos de saúde previstos no Plano de Saúde e na Programação Anual e sempre de acordo com a finalidade do Programa de Trabalho do Orçamento Geral da União (OGU) que deu origem ao repasse.

Essa vinculação deve ser observada pelo gestor independentemente do exercício em que ocorreu o ingresso dos recursos no Fundo de Saúde do ente federativo, do ano de sua execução ou se decorrente de emenda parlamentar ou de dotação originária consignada ao MS no OGU.

No mesmo sentido do disposto na Lei Complementar 101/2000 – Lei de Responsabilidade Fiscal (LRF), a portaria estabelece também que a vinculação é válida até a aplicação integral dos recursos ainda que em exercício posterior ao do ingresso do recurso no fundo local de saúde.